作为一部追求突破的作品，仙剑奇侠传6似乎刻意在摆脱系列前作的窠臼，不单单满足于刻画少数几个角色，而是将剧情在这一代发挥得更加自由了，同时这次的仙剑奇侠传6在剧情上增加了许多新的元素，令人耳目一新。横向跨度上，正武盟、启魂圣宗、衡道众、禺族、昙华洛家各怀心思;纵向跨度上，故事发生两百年前的洛家血祭、七年前雾魂血缚等。可以说，在整个故事结构的铺陈上仙剑奇侠传6的种种表现都称得上高水准。

　　仙剑奇侠传6第一二章如何通关：

　　序章

　　剧情：昙花洛家洛昭言对阵今朝和祈，今朝和祈的身后更有孟诚在坐山观虎斗。孟诚见今朝与祈在和洛昭言的战斗中并未占上风，并独自溜走，而今朝早已打好算盘，这一场战斗只不过是一场演戏。

　　难点：第一场战斗充当新手教程，因此并无过多难点，使用技能进行攻击即可。

　　剧情：所谓不打不相识。祈因为天性单纯，将自己身上钱财都给了邪教，也入了邪教，而今朝更是将计就计获得了邪教的信任，不料遇洛昭言也在追寻邪教，今朝和洛昭言决定联手，一同对抗(最重要的因素是今朝的左眼之前看到了洛昭言)。

　　提示：水池

　　第一章-蜃海盈辉

　　剧情：今朝向洛昭言借了几两银子，找到并孟诚，将计就计，谎称洛昭言已被打跑，并向孟诚献上金叶子，以此获得了孟诚的信任，并得以被引荐司诏。

　　描述：洛昭言见越姑娘和越兄相助，此次追捕应该有所进展。

　　剧情：很顺利的今朝和祈就进入了邪教据点，今朝假借身体不适，需孟诚取神药医治为由，脱离孟诚控制，并与洛昭言会面。

　　描述：跟随今朝和祈找到邪教据点。

　　难点：路上需要经过石板，通过移动的石板从一个平台到达另一个平台。在最后的平台上，还需要按TAB切换成越祈，利用祈的心念移动搭路。

　　注意：由于人物的跳跃会让大多数玩家无法一时无法习惯，对跳跃距离容易产生误判。

　　剧情：洛昭言，今朝，祈，三人追寻到最后，被困在了死路，此时，被打开暗门送药的孟诚撞见，孟诚见对方阵势强悍，迅速逃走。

　　描述：追上那教史。

　　技巧：

　　1.在25秒内消灭敌人获得1.2倍奖励，20秒内消灭敌人获得1.3倍，15秒内消灭敌人获得1.4倍奖励。

　　2.地图上蓝色的阵法可以恢复全部人物的全部精气。

　　注意：等石阶上来之后，再让人物从上方下去。

　　剧情：孟诚原来是找司诏求救，司诏命令孟诚请”他”出来对付，却不料孟诚因为找不到”他”而请了一只魔藏蛰出来。

　　难点：魔藏蛰除了自身外，还有两个可供攻击的部位，毒囊和尾刺。将其他部位击破，可消除魔藏蛰的毒液攻击。

　　注意：魔藏蛰在中途会生出几只小朱蝎。

　　获得道具：复言叶，凌霄钟乳，九转金丹，元气丹

　　仙剑奇侠传6第一二章通关详情：

　　剧情：司诏再次耍诈，使出笛子促使还未断气的魔藏蛰挟持祈作人质。而今朝毫不担心，带着洛昭言远离之后，并让祈秒了魔藏蛰。司诏直呼好险，并立马逃离进坍塌的墙壁后。

　　剧情：由于两名邪教之徒逃走，洛昭言等人只能在房间里找寻能够提供线索的证据。位于墙后的高骁(司诏)和孟诚也正在商议将抓到的人和”神珠”移至落日部。

　　描述：搜寻此地，搜索线索。

　　难点：房间没有任何出口，只要点击在桌子上的书即可。

　　剧情：洛昭言等人拿起账本后离开此地，并雇佣今朝和祈来帮助自己。今朝和祈在面馆虽然碰到两个人，但也并未做多少逗留，吃了一碗鸡蛋面后并离开了。

　　描述：离开此地。

　　提示：前往盈辉堡北部。

　　剧情：洛昭言在城中劝说，看来城中人的思想被邪教毒害的不清，依旧还有坚信邪教的人存在。虽然有温仰相助，最后还是靠洛昭言解了围。

　　描述：去洛家商行和洛昭言会合。

　　剧情：洛昭言分别为温仰，今朝，祈三人各自做了介绍，更遇到了明绣，明绣执意要一人独自行动，带上白发妖兽并离开了。